表现不同：鱼类病原体疾病一般表现为品种、规格单纯，数量较少。中毒性疾病表现为品种、规格齐全，通常是全池性的。
病理反应不同：鱼类病原体疾病有比较明显的特异性病理反应。中毒性疾病尤其是急性中毒，主要表现为鱼类活动规律的变化。
有无病原体：鱼类病原体疾病可以通过显微镜检查观察到病原体（如寄生虫、细菌），有的甚至肉眼都能观察到，如猫头鳋等。中毒性疾病无病原体。
病程不同：病原体疾病要引起病鱼死亡最快都要数天甚至1星期~2星期，且病鱼死亡呈现零星、持续时间长等状态。中毒性疾病，特别是急性中毒，病鱼死亡时间短、速度快、死亡量大，有的甚至从鱼类中毒到死亡仅需几十分钟。
体表症状不同：病原体疾病的病鱼体表往往有血斑、脓肿、溃疡。中毒性疾病，鱼体表一般没有这些症状。
有无污染源：中毒性疾病有的有明显的污染源，如化工厂排放废水，且水中pH值发生变化等特征以及各种鱼类对不同化学物的不同反应特征，且通过一定的化学分析检测技术可以确定有毒物的名称和含量。
体型瘦弱不同：病原体引起死亡的鱼类一般呈现体色暗淡、消瘦、头大尾小等症状。中毒死亡鱼类的肥满度与正常鱼类没有区别，尤其是急性中毒死亡的鱼类。
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